（1）非螺旋体抗原血清试验假阳性；这些疾病常见于自身免疫性疾病，如系统性红斑狼疮、播散性盘状红斑狼疮、自身免疫性溶血性贫血、进行性系统性硬化症、类风湿性关节炎、风湿性心脏病、肝硬化、结节性多动脉炎、干燥综合征、慢性肾炎及海洛因成瘾，滴度可达1：64~1：128；少数孕妇，正常人群假阳性率为1%-2%。在70岁以上高龄老人中有1%出现假阳性。
（2）螺旋体抗原血清假阳性；发生率比非螺旋体抗原血清试验少，虽有部分其他病的患者出现FTA-ABS假阳性，其荧光染色常很弱或呈不典型的“串珠状”。
（3）梅毒血清反应的假阴性
1． 一期梅毒硬下疳：一般硬下疳出现2-3周，机体才出现反应素，故早期血清反应常呈阴性。
2． 感染梅毒立即治疗或晚期梅毒：由于血清反应素低，出现阴性。
3． 二期梅毒假阴性；不到1%的二期梅毒患者其未稀释的血清VDRL试验呈阴性或弱阳性反应，而在高度稀释后反而为阳性，即前带现象（Prozone phenomenon），这是血清中抗心磷脂抗体过多，抑制阳性反应的结果。
4． 技术操作或抗原敏感性低出现血清试验阴性。
